食品生产加工车间、包装间都有较高的卫生要求，特别是生鲜食品，由于最终没有加热消毒工序，生产车间的微生物污染是影响食品质量的重要因素。

以往，食品加工企业多使用紫外线对厂房及食品进行灭菌，紫外线以光波辐射作用灭菌，只有能照射到的位置且照射强度足够时才有灭菌效果。因此，使用紫外线灭菌易产生消杀死角。此外，紫外线灭菌还易受到湿度的影响，当室内相对湿度大于 60 % 时，其灭菌效果急剧下降。

臭氧为气体，扩散性好，适用于空间灭菌，另外臭氧在消杀后转化为氧气，无有害残留物、无二次污染。正因如此，臭氧以其在灭菌过程中的特有优势，逐步取代传统灭菌方式。

臭氧水还可用于食品厂内的管路、生产设备及盛装容器的浸泡和冲洗，从而达到消毒灭菌的效果。